В ЭД «Контракт» на вкладке Общая информация в блоке Сведения о цене контракта отредактировать или заполнить сумму НДС таким образом, чтобы значение в поле «Сумма НДС» в общей информации о контракте была равна сумме НДС по всем позициям вкладки Предмет контракта блока Товары, работы, услуги.